東源食品安全實驗室是伴隨著建廠初期建立起來的，至今20多年。
實驗室是參照ISO17025實驗室認可服務的國際標準，建立起一套實驗室管理體系，參照國家標準、行業標準以及日本等發達國進口國商檢部門的檢驗標準，制定了成熟的檢驗方法和判定標準，確保檢驗結果的準確性。
實驗室目前配置的設備有：美國AB質譜儀，安捷倫液相色譜儀，以及日本島津氣相色譜儀，島津原子吸收分光光度計等設備，以及相關食品檢驗專業技術人員。這些配備和專業技術人員完全可以滿足發達國家進口國對食品安全的檢測要求。
另外實驗室還具備對農藥、獸藥殘留，重金屬，理化指標以及微生物等方面的檢測能力。
東源烤鰻建立了嚴格的食品安全監控流程：活鰻原料全部來自檢驗檢疫機構備案的養殖場；
活鰻進廠前，要先到備案的養殖場進行預檢，預檢合格之后再安排進貨；
活鰻到工廠后再次抽檢，檢驗合格后才安排生產；成品入庫之前實驗還會再一次抽檢檢驗，100%檢驗合格的產品才能進入銷售流程。